Ο πατέρας του ήταν επιφανής επιχειρηματίας. Γεννήθηκε στην Oita στο νησί Kyushu και το 1945, είδε την καταστροφή της Χιροσίμα στην ακτή απέναντι από την πόλη του.
Το γεγονός αυτό τον σημάδεψε και όταν αποδέχτηκε το Pritzker Price το 2019 είχε δηλώσει: «Δεν υπήρχε αρχιτεκτονική, ούτε κτίρια, ούτε καν πόλη. Έτσι η πρώτη μου εμπειρία στην αρχιτεκτονική ήταν το κενό της αρχιτεκτονικής και άρχισα να σκέφτομαι πώς οι άνθρωποι θα μπορούσαν να ξαναχτίσουν τα σπίτια και τις πόλεις τους».
Ο Isozaki ξεκίνησε την αρχιτεκτονική του σταδιοδρομία στο γραφείο του Kenzo Tange, βραβευμένου επίσης με το βραβείο Pritzker το 1987, αφού σπούδασε αρχιτεκτονική στο Πανεπιστήμιο του Τόκιο.
Ο Isozaki ίδρυσε το δικό του γραφείο, Arata Isozaki & Associates, γύρω στο 1963, και ήταν ένας από τους πρώτους Ιάπωνες αρχιτέκτονες που σχεδίασαν κτίρια στο εξωτερικό, υπερβαίνοντας τα εθνικά και πολιτιστικά όρια.
Μεταξύ των πιο γνωστών έργων του Isozaki είναι το Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης στο Λος Άντζελες και το στάδιο Palau Sant Jordi στη Βαρκελώνη που χτίστηκε για τους Θερινούς Αγώνες του 1992. Σχεδίασε επίσης εμβληματικά κτίρια όπως το Team Disney Building και τα κεντρικά γραφεία της Walt Disney Company στη Φλόριντα.
Στην Ελλάδα ήταν επικεφαλής της αρχιτεκτονικής ομάδας που σχεδίασε το κτίριο Μ2 του Μεγάρου Μουσικής Θεσσαλονίκης.
